В списке организаций (и во многих других окнах) по умолчанию отображается только 100 строк, поэтому, возможно, у Вас не не создаются организации, а просто не отображаются в списке.

Для того, чтобы увидеть все значения, внизу каждого окна есть возможность регулирования количества показываемых строк.

Нажимая на "+" Вы увеличиваете кол-во показываемых строк. Можно выбрать одно из нескольких значений: 100, 200, 500, 1000, 5000, Все. После этого необходимо нажать "Обновить"

Также здесь отображается номер выбранной (активной) строки и общее количество строк, которое отображено.

Начиная с версии 3.3.2 при следующих запусках будут открываться то кол-во строк, которое было выбрано ранее (Исключение: если в прошлый раз было выбрано значение "Все", то оно заменится на 5000).